Link esta vagando por lostwood quando der repente aparece duas fadinha e assusta o cavalo de link que o faz cair de desmaiar, em seguida aparece skullkid e com arte de travessura o revista e acha a ocarina de link, quando link acorda ele tenta recuperar seu item porem skullkid é mais rápido e começa a escapar com seu cavalo

Link vai atrás dele e quando finalmente o encontra skullkid o mesmo o joga uma maldição onde transforma link em um DEKU (especie de raça do jogo)

Link então tem que ir atrás dele para tentar recuperar sua forma e descobre que skullkid quer acabar com o mundo retirando a Lua de sua orbita e fazendo-a cair no centro da cidade

Então temos trés dias para recuperar nossa ocarina e conseguir voltar no tempo para enfim conseguir voltar ao normal e começar uma grande aventura que é salvar o mundo da lua que skullkid tirou de sua orbita.